Dekan Universitas Pattimura merupakan pimpinan fakultas. Dekan bertanggung jawab atas pengelolaan akademik dan administratif fakultas, serta memimpin dalam pengembangan program studi dan penelitian.
Dekan Fakultas Hukum
Prof. Dr. A. I. Laturette, SH., MH
Dekan Fakultas Teknik
Prof. Dr. Ir. Pieter Th. Berhitu, ST., MT
Dekan Fakultas Pertanian
Prof. Dr. Ir. A. E. Pattiselano, M.Si
Dekan Fakultas Ilmu sosial dan Ilmu Politik
Dr. W. Tuanaya, M.Si
Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis
Prof. Dr. Teddy Ch. Leasiwal, SE., M.Si
Dekan Fakultas Sains dan Teknologi
Prof. Dr. H. J. Wattimanela, S.Si., M.Si
Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Prof. Dr. I. H. Wenno, S.Pd., M.Pd
Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Prof. Dr. Y. Lopulalan, S.Pi., M.Si
Dekan Fakultas Kedokteran
dr. Farah Ch. Noya, M.HPed., Ph.D
Direktur Pascasarjana
Dr Richard Benny Luhulima.ST.,MT
