Dekan Universitas Pattimura merupakan pimpinan fakultas. Dekan bertanggung jawab atas pengelolaan akademik dan administratif fakultas, serta memimpin dalam pengembangan program studi dan penelitian.
Dekan Fakultas Hukum
Dr. Hendrik Salmon, SH.,MH
Dekan Fakultas Teknik
Dr PIETER THOMAS BERHITU, ST, MT
Dekan Fakultas Pertanian
Prof Dr Ir AUGUST E PATTISELANNO, M.Si
Dekan Fakultas Ekonomi dan Bisnis
Prof. Dr. Teddy Christianto Leasiwal, S.E., M.Si.
Dekan Fakultas Ilmu sosial dan Ilmu Politik
Dr Dr. WAHAB TUANAYA, M.Si, M.Si
Dekan Fakultas Sains dan Teknologi
Dr HENRY JUNUS WATTIMANELA, S.Si M.Si
Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
Prof. Dr. Izaak Hendrik Wenno, S.Pd., M.Pd
Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Dr. YOISYE LOPULALAN, S.Pi., M.Si
Dekan Fakultas Kedokteran
DR. dr. BERTHA JEAN QUE, Sp.S., M.Kes
Ketua Pengelola PSDKU
Prof. Dr. Aholiab Watloly, S.PAK, M.Hum
Direktur Pascasarjana
Dr Richard Benny Luhulima.ST.,MT
