Penjaringan bakal calon Rektor Universitas Pattimura periode 2016-2020 yang berlangsung Rabu 20 Januari 2015, akhrinya menghasilkan tiga nama calon Rektor yaitu, Prof. Dr. Thomas Pentury, M.Si., Prof. Dr. M. J. Sapteno, SH., M.Hum., dan Prof. Dr. Tonny Donald Pariela, MA., sementara Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc., tidak lolos dalam tahap pertama.
Sesuai ketentuan, penyaringan dilakukan terhadap empat bakal calon rektor yaitu Prof. Dr. Thomas Pentury, M.Si., Prof. Dr. M. J. Sapteno, SH., M.Hum., Prof. Dr. Tonny Donald Pariela, MA, dan Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc. Hasilnya yang berupa 3 calon yang akan diusulkan ke Menristekdikti untuk disahkan sebagai calon rektor.
Proses pemilihan bakal calon menjadi calon rektor tersebut berlangsung secara tertutup di Aula Rektorat Unpatti, Poka, dan diikuti oleh 60 dari 62 suara anggota senat Unpatti. Hasil perhitungan suara yang diperoleh, Prof. Dr. Thomas Pentury, M.Si., berada pada posisi pertama dengan memperoleh 21 suara, disusul Prof. Dr. M. J. Sapteno, SH., M.Hum., 16 suara, Prof. Dr. Tonny Donald Pariela, MA., 13 suara dan Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc., 10 suara.
Pasca penyaringan bakal calon. ketiga calon yang terpilih mulai berebut 35 persen suara yang dimiliki Menristekdikti. Hal ini disebabkan pada pemilihan tahap kedua 29 Januari mendatang bukan hanya 62 suara anggota senat yang diperebutkan namun suara Menristekdikti yang mencapai 35 persen.
Dari penjabaran visi dan misi yang disampaikan oleh keempat bakal calon rektor, mereka sama-sama ingin memajukan Unpatti terutama dalam bidang kemaritiman. Hal ini tergambar dari visi dan misi yang disampaikan oleh keempat kandidat di depan anggota senat beberapa jam sebelum pemilihan digelar. Penyampaian visi dan misi dilakukan secara terbuka dan disaksikan publik secara langsung. Penyampaian visi dan misi yang berlangsung sejak pukul 11.00-12.30 WIT ini dimulai dari kandidat Prof. Dr. Tonny Donald Pariela, MA., Disusul Prof. Dr. Thomas Pentury, M.Si., Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc., dan Prof. Dr. M. J. Sapteno, SH., M.Hum.
Prof. Dr. Tonny Donald Pariela, M.A., dalam penyampaiannya menjelaskan visi yang diusung yaitu “ Terwujudnya kualitas Penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang inovatif, Bertumpu Pada Keunggulan Spesial dan Potensi Lokal ”. Ia menjabarkan visi sebagai arah pengembangan Unpatti kedepannya dalam tiga poin misi. Salah satu poin yang paling penting ialah, melaksanakan penjabaran PIP Bina Mulia Kelautan secara konsisten sehingga keunikan kualitas institusi dapat diposisikan menjadi bargaining power yang kuat terhadap dinamika kompetisi ilmu pengetahuan dan teknologi terutama pada jenjang regional, nasional dan internasional.
Sedangkan Prof. Dr. Thomas Pentury, M.Si., dalam penyampaian visi-misi mengatakan, visinya untuk periode 2016-2020 ialah “ Mewujudkan Universitas Pattimura yang unggul, Berkarakter Laut Pulau, Berbasis Riset dan Enterpreneurship untuk kemajuan Bangsa”. Ada empat misi yang dijabarkan, termasuk menjadikan Unpatti sebagai pusat riset dan pengembangan kamaritiman dan Enterpreneurship. Tujuan strategisnya dalam terlaksannya Tri Dharma Perguruan Tinggi yang bermutu dan relevan dengan pembangunan kemaritiman nasional berbasis riset, pengembangan kemaritiman dan Enterpreneurship serta meningkatnya akses untuk memperoleh pendidikan tinggi. efisiensi internal dan tata kelola yang akuntabel untuk mewujudkan layanan prima dan kesejahteraan warga kampus.
Sedangkan Prof. Dr. Ir. Alex S. W. Retraubun, M.Sc., mengusung visi “ Mewujudkan Unpatti sebagai Universitas yang berkompeten berbasis kepulauan ”. Retraubun juga ingin meningkatkan kompetensi lulusan tentang kepulauan melalui pendidikan berstandar nasional berbasis kepulauan dan implementasi dan dimensi hasil-hasil penelitian kepada masyarakat. Tujuannya ialah menghasilakn lulusan yang berdaya saing secara global berbasis kepulauan.
Sedangkan Prof. Dr. M. J. Sapteno, SH., M.Hum., dalam penyampaian visi misinya mengatakan visinnya “ Terwujudnya Universitas bermutu, inovatif, berkemampuan IPTEK, kompetitif dan berbudaya kepulauan”. Dalam 5 poin misinya, ia menekankan agar dapat meningkatkan kualitas proses pendidikan, kemahasiswaan dan sumber daya manusia yang berkualitas, dengan sasaran strategis meningkatkan sarana prasarana pendidikan, kualitas proses pembelajaran dan kegiatan kemahasiswaan.
Diharapkan proses pemilihan calon rektor yang akan menetapkan rektor Unpatti di tanggal 29 Januari 2016 nanti berjalan lancar, aman dan kondusif.