Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Pattimura adalah program studi yang menghasilkan lulusan yang kompeten yaitu yang memiliki soft skill dan hard skill lebih tinggi di antara lulusan lain, dapat menjadi pionir dalam berbagai aspek khususnya yang berkaitan dengan pengembangan Pendidikan Biologi. menghasilkan lulusan yang tidak hanya menguasai ilmu pengetahuan dalam pengertian sekedar pandai, tetapi lebih dari itu, memiliki sikap tanggap, cekatan, cerdas, mampu mencerna dan merespon informasi secara cepat kemudian mampu mengejewantahkannya dalam tindakan nyata.

Menghasilkan lulusan yang berintegritas, bertanggung jawab, jujur, menghargai dan menghormati sesama dalam tutur kata maupun sikap sehingga dapat menjadi teladan dalam masyarakat. Dalam bidang Pendidikan Biologi, menghasilkan lulusan yang memiliki kinerja tinggi, berdaya cipta, dan mampu bersaing pada level regional, nasional maupun internasional di era keterbukaan masyarakat dan ekonomi global dan menghasilkan lulusan yang mampu memanfaatkan sumber-sumber alam lokal dan mengintegrasikannya ke dalam teknologi-teknologi baru untuk menunjang dan meningkatkan kualitas pembelajaran di daerah laut pulau untuk menunjang pembelajaran biologi di sekolah maupun di masyarakat.